ไฟนอลแฟนตาซี XII ดำเนินเรื่องอยู่บนโลกเสมือนจริงชื่อว่า อิวาลิซ (Ivalice) โดยเริ่มต้นที่อาณาจักรดัลมัสก้า ในเมืองหลวงที่ชื่อ ราบานัสต้า กำลังมีงานเฉลิมฉลองการอภิเษกสมรส ระหว่างเลดี้แอช เจ้าหญิงแห่งอาณาจักร ดัลมัสก้า กับเจ้าชายราสเลอร์ แห่งอาณาจักรนาบราเดีย ซึ่งภายหลังงานอภิเษกไม่นาน อาณาจักรดัลมัสก้าก็ถูกรุกรานโดยจักรวรรดิอาร์เคเดีย ทำให้เกิดสงครามขึ้น อาณาจักรนาบราเดียกับอาณาจักรดัลมัสก้า ร่วมเป็นพันธมิตร กันต่อต้านการรุกรานของจักรวรรดิอาร์เคเดีย ในระหว่างการรบเจ้าชายราสเลอร์เสียชีวิต เป็นผลให้พระราชารามินัสแห่งอาณาจักรดัลมัสก้า ถูกบังคับให้เซ็นสัญญายอมแพ้ และมีแผนการที่จะสังหารพระองค์ทิ้งหลังจากสละอำนาจ เหล่าอัศวินของอาณาจักรดัลมัสก้า พยายามสุดชีวิตที่จะขัดขวางแผนการนี้ กัปตันบาช หัวหน้ากองทัพอัศวินแห่ง อาณาจักรดัลมัสก้า เป็นผู้ลงมือสังหารพระราชารามินัส โดยมี เร็กส์ ทหารหนุ่มวัย 17 ปีที่พยายามขัดขวางแผนการลอบสังหาร เป็นพยานในที่เกิดเหตุ เป็นผลให้ มาร์ควิส ออนดอร์ ประกาศให้กัปตันบาช ฟอน รอนเซนเบิร์ก ต้องโทษกบฏ พร้อมทั้งประกาศข่าวว่า เลดี้แอช ตรอมใจตาย อันเนื่องมาจากสูญเสียบิดา สามี และอาณาจักรในเวลาเดียวกัน

2 ปีให้หลัง วาน น้องชายของเร็กส์ ได้วางแผนที่จะเข้าไปขโมยของ ในท้องพระคลังของปราสาทดัลมัสก้า ในงานต้อนรับการมาเยือนของ เวย์น โซลิดอร์ บุตรชายคนโตของจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิอาร์เคเดีย แต่แผนการของ วานถูกคัดค้านอย่างหนักจาก เพเนโล่ เพื่อนสาวคนสนิทที่โตมาด้วยกัน ในระหว่างที่วานลอบเข้าไปในท้องพระคลังได้สำเร็จ จากการช่วยเหลือของ ผู้เฒ่าดาร์ลัน (Old Dalan) วานได้พบกับบัลเธียร์ และ แฟรน ที่หมายตาเมจิกไซต์ ซึ่งวานขโมยมาได้เหมือนกัน ระหว่างนั้นเหล่ากองกำลังต่อต้านได้เปิอฉากโจมตี เพื่อลอบสังหาร เวย์น โซลิดอร์ แต่กลับถูกซ้อนแผน โดยเวย์น โซลิดอร์ใช้ตัวเองเป็นเหยื่อล่อ แล้วให้กองเรือเหาะอิฟรีท เตรียมซุ่มโจมตีพวกกองกำลังต่อต้าน ในระหว่างการหลบหนีทั้ง 3 คนได้ตกลงไปในท่อระบายน้ำใต้ดินของราบานัสต้า และได้พบกับ อเมเลีย หัวหน้าของกองกำลังต่อต้าน ทั้งหมดจึงตัดสินใจร่วมกันหลบหนี อย่างไรก็ตามกองทหารอาร์เคเดียก็จับกุมได้ทั้งหมด โดยวาน บัลเธียร์ และแฟรน ถูกส่งตัวไปที่นัลบิน่าดันเจี้ยน ในขณะที่ อเมเลีย ถูกแยกตัวไปที่อื่น ทั้ง 3 คนได้หลบหนีออกจากนันบินาดันเจี้ยน และได้พบกับ กัปตันบาช ฟอน รอนเซนเบิร์ก ที่ขอให้ช่วย พร้อมทั้งอธิบายว่าเขาถูกใส่ความโดยน้องชายฝาแฝด แกบรานธ์ และที่เขาไม่ถูกประหารชีวิต ก็เพื่อจะแบล็กเมล์ ออนดอร์ ให้เงียบไว้ ซึ่งตอนแรกวานไม่เชื่อ เพราะว่าเร็กส์ พี่ชายของตนเห็นเหตุการณ์ทั้งหมด แต่ภายหลังวานก็เข้าใจ

หลังจากหนีออกมาได้ วานอยากจะโชว์ของที่ขโมยมาได้ให้เพเนโล่ดู จึงได้รู้ว่าเพเนโล่ถูกนักล่าค่าหัว บากัมนัน ลักพาตัวไปที่นครลอยฟ้าบูเจอร์บา เพื่อที่จะล่อบัลเธียร์ออกมา ทั้งหมดจึงได้ตัดสินใจไปช่วยเพเนโล่ ซึ่งเมื่อไปถึงบูเจอร์บา ก็ได้พบกับเด็กหนุ่มลึกลับ เลอมอนท์ (Lamont) ที่อาสาจะนำทางไปยังในเหมือง ที่ๆ เพเนโล่ถูกจับตัวไป ภายหลังจากเข้าไปเจอพวกบากัมนัน แล้วหนีมาได้จึงรู้ว่าเพเนโล่ยังปลอดภัยอยู่ แต่อยู่ที่อื่น พร้อมทั้งรู้อีกว่าเลอมอนท์ ที่จริงแล้วก็คือ น้องชายของ เวย์น โซลิดอร์ ที่มีชื่อว่า ลาร์ซา เฟอร์รินัส โซลิดอร์ บาชตัดสินใจเข้าพบ ออนดอร์ และอธิบายเรื่องทั้งหมดพร้อมทั้งเรื่องอเมเลีย แต่ออนดอร์กลับควบคุมตัวทั้งหมด ส่งให้ จัดจ์กีส (Judge Ghis) ไปควบคุมที่เรือเหาะ ลีไวอาทัน (Leviathan) ซึ่งวานยื่นขอเสนอส่งมอบเมจิกไซต์ที่ขโมยมาได้ให้ จัดจ์กีส แลกกับการไม่ประหารชีวิต ซึ่งเมจิกไซต์อันนี้มีความสำคัญ คือเป็นสิ่งที่ใช้ยืนยันฐานะที่แท้จริงของเลดี้แอช และเป็นเหมือนเครื่องหมายแห่งกษัตริย์ (Dusk shard) ของอาณาจักรดัลมัสก้า

บนลีไวอาทัน ทั้งหมดได้รับการช่วยเหลือจาก วอสเลอร์ ทหารคนสนิทของบาช ที่มาร์ควิสออนดอร์ส่งตัว เข้ามาแทรกซึมในเรือเหาะลีไวอาทัน ทั้งหมดได้เข้าช่วยเหลือ อเมเลีย ซึ่งรู้ภายหลังว่า ที่แท้จริงเธอคือ เลดี้แอช เจ้าหญิงแห่งอาณาจักรดัลมัสก้า เพเนโล่ได้รับการช่วยเหลือจาก ลาร์ซา ทั้งหมดได้หนีออกจากเรือเหาะลีไวอาทัน แต่ว่าก็ล้มเหลวที่จะพิสูจน์ฐานะที่แท้จริงว่าเป็นเชื้อพระวงศ์ เพราะหากปราษจากดัสก์ชาดแล้ว แกรสเคลเทียร์อนาสตาซิส ซึ่งเป็นเหมือนพระสันตะปาปา ที่แค่เพียงชายตามอง แม้แต่จอมกษัตริย์หรือจักรพรรดิ์จะนิ่งฟัง ซึ่งหากปราศจากดัสก์ชาด แกรนเคลเทียร์ก็ไม่สามารถประกาศให้เลดี้แอชเป็นราชินีที่ชอบธรรมได้ เลดี้แอชจึงจำเป็นต้องหาหลักฐานอื่น นอกเหนือจากดัสก์ชาร์ดที่ถูกยึดไป เลดี้แอชเล่าให้ฟังว่า ในสมัยอดีตจอมกษัตริย์เรธวอลล์ (Dynast-King Raithwall) ได้ครอบครอง ดอว์นชาร์ด ซึ่งมีแต่ผู้สืบสายเลือดของพระองค์เท่านั้น ที่จะหาเจอและควบคุมพลังได้ ซึ่งได้ถูกเก็บซ่อนไว้ในสุสานจอมกษัตริย์ เรธวอลล์ ซึ่งภายหลังจากเอาดอว์นชาร์ดมาได้ ก็ถูกจัดจ์กีส ตามจับตัวได้อย่างรวดเร็ว จึงรู้ว่าแท้จริงแล้ววอสเลอร์ทรยศ ไปเข้ากับจักรวรรดิอาร์เคเดีย

ทั้งหมดจึงถูกจับกุมตัวไปที่เรือเหาะชีวา (Shiva) หนึ่งในกองเรือลีไวอาทัน จัดจ์กีสต้องการทดสอบดูว่า ดอว์นชาร์ด เป็นของจริงหรือไม่จึงพิสูจน์กับเครื่องปฏิกรณ์ในเรือเหาะ นักวิจัยพบว่า ดอว์นชาร์ด ปล่อยพลังงานมหาศาลออกมา จึงยืนยันได้ว่าเป็นของจริง แต่ในขณะนั้นเองแฟรน ซึ่งเป็นเผ่าเวียร่า มีสัมผัสที่ว่องไวกับ มิสต์ ซึ่งมิสต์ คือพลังงานที่ปล่อยออกมาจากเมจิกไซต์ทุกชนิด มิสต์มหาศาลที่ถูกแผดเผาของ ดอว์นชาร์ด ทำให้เฟรนคลั่ง แล้วมีพลังมากขึ้น จึงอาละวาด ทำให้ทั้งหมดได้โอกาสที่จะหนี ถึงแม้ว่าจัดจ์กีสจะใช้เวทเข้าขัดขวาง แต่ว่าเพเนโล่ได้รับของที่ระลึกอย่างหนึ่งจากลาร์ซา ที่เรียกว่า ไดแฟกเท็ดเนธิไซต์ (deifacted Nethicite) ซึ่งมีคุณสมบัติต่างจากเมจิกไซต์ โดยไดแฟกเท็ดเนธิไซต์จะดูดพลังเวททำให้เวทของจัดจ์กีส ใช้ไม่ได้ผล ทั้งหมดจึงหลบหนี ออกมาได้หวุดหวิด แต่ว่าพลังงานมหาศาลของดอว์นชาร์ด ควบคุมไม่ได้ จึงเกิดการระเบิดอย่างรุนแรงทำลายกองเรือลีไวอาทันทั้งกองเรือ วอสเลอร์กับจัดจ์กีสเสียชีวิต ในเหตุการณ์นี้ ซึ่งพวกเลดี้แอชได้ดอว์นชาร์ดกลับคืนมาภายหลังการระเบิด

เลดี้แอช หวังจะใช้พลังของ ดอว์นชาร์ด เข้าต่อสู้กับจักรวรรดิอาร์เคเดีย แต่ว่าไม่รู้วิธีใช้ เฟรนจึงแนะนำให้ไปปรึกษาของเผ่าการีฟ (Garif) ที่เคยได้รับพลังจากเมจิกไซต์ชนิดนี้เหมือนกัน ทั้งหมดจึงเดินทางไปทางตอนใต้ผ่านทาง ออสโมนเพลน (Ozmone Plain) เมื่อได้พบกับหัวหน้าเผ่า จึงได้รู้ประวัติของเนธิไซต์พิเศษที่ทรงพลัง เดิมที่ ออคคิวเรีย ผู้เป็นอมตะ (Occuria) เปรียบเสมือนพระเจ้าของอิวาลิซ ได้มอบเมจิกไซต์ที่ทรงพลังให้กับเผ่าการีฟ แต่ว่าเผ่าการีฟรักสงบ และเลือกที่จะอยู่กับธรรมชาติ ไม่ฝักใฝ่ในพลังอำนาจจึงเพียงแต่นำเนธิไซต์มาบูชาเท่านั้น ออคคิวเรียไม่พอใจอย่างมาก จึงยึดเนธิไซต์คืน แล้วมอบให้กับมนุษย์หนึ่งในนั้นคือ จอมกษัตริย์เรธวอลล์ ซึ่งจอมกษัตริย์เรธวอลล์ ได้ใช้พลังของดอว์นชาร์ดปกครองอิวาลิซอย่างร่มเย็น สมกับที่ออคคิวเรียได้คาดหวังไว้ หลังจากหัวหน้าเผ่าการีฟตรวจดูดอว์นชาร์ดที่เลดีแอชครอบครองอยู่ ก็บอกได้แต่เพียงว่าเสียใจด้วย เพราะพลังมหาศาลที่มีอยู่ได้สูญสิ้นไปแล้ว พร้อมทั้งขออภัยที่เขาไม่สามารถช่วยอะไร ผู้สืบสายเลือดจอมกษัตริย์เรธวอลล์ที่ยิ่งใหญ่ได้มากนัก

ณ ที่หมู่บ้ายการีฟ ลาร์ซา โซลิดอร์ ได้ดักรอที่จะพบกับเลดี้แอช พร้อมทั้งเสนอให้เลดี้แอชไปที่ ภูเขาศักดิ์สิทธิ์ เบอร์โอมิเซสส (Mt. Bur-Omisace) เพื่อหาทางหยุดยั้งสงครามที่จะเกิดขึ้น โดยยื่นขอเสนอว่าหากไม่เชื่อใจ ก็ให้จับกุมตัวเองไว้เป็นตัวประกันก็ได้ แต่ทางที่จะไปต้องผ่านป่า กอลมอร์จังเกิ้ล (Golmore Jungle) ซึ่งเป็นอาณาเขตของเวียร่า และเวียร่าตัดขาดจากมนุษย์ ได้ใช้พลังเวทปิดกั้นเส้นทางไว้ ทำให้แฟรน ต้องไปขอร้องโจเท (Jote) หัวหน้าเผ่าเวียร่า ซึ่งเป็นพี่สาวของแฟรน ให้เปิดทางให้ พร้อมทั้งอำลาน้องสาวมิยาน (Mjrn) มิยานอยากออกไปดูโลกภายนอกเหมือนแฟรน แต่เฟรนห้ามไว้ พร้อมทั้งบอกว่าเวียร่าที่ละทิ้งป่า จะไม่สามารถพูดคุยกับต้นไม้ได้อีก ซึ่งโดยปกติเวียร่าจะสามารถเข้าใจต้นไม้และสายลมได้ ภายหลังโจเท คุยกับป่าเพื่อเปิดทางให้ พวกเลดี้แอชก็มุ่งหน้าไปที่เบอร์โอมิเซสส

เมื่อไปถึงเบอร์โอมิเซส เลดี้แอชก็ได้เข้าพบกับ แกรน คิลเทียส อนาสตาซิส (Gran Kiltias Anastasis) ผู้ที่ปราชญ์แห่งความฝัน ซึ่งสามารถมองเห็นความฝันของผู้อื่นได้ ขณะเดียวกันลาร์ซา โซลิดอร์ ได้แนะนำให้เลดี้แอชรู้จักกับ อัลซิด มาร์เกรซ หนึ่งในผู้ปกครองจักรวรดิโรซาร์เรียน ที่เป็นศัตรูกับจักรวรรดิอาร์เคเดียมาช้านาน ได้ปรึกษาร่วมกันเพื่อหาทางหยุดยั้งสงคราม แกรนเคลเธียร์อนาสตาเซีย ได้มองเห็นว่าความฝันของทุกคนไม่ต้องการให้เกิดสงคราม แต่ทำนายว่าได้เห็นความฝัน เวย์น โซลิดอร์ ได้รับจารึกชื่อในหน้าประวัติศาสตร์ในฐานะจอมกษัตริย์ เลดี้แอชจึงบอกถึงความฝันของตน ที่จะหาพลังที่ยิ่งใหญ่กว่าเมจิกไซต์ แกรนเคลเธียร์อนาสตาเซีย จึงได้แนะนำให้ไปเอา ดาบแห่งราชา (Sword of Kings) ที่สามารถทำลายเนธิไซต์ได้ แต่ลาร์ซา โซลิดอร์ได้เสนอว่าเขาจะอาสา เจรจากับจักรพรรดิกรามิส ให้รับรองเลดี้แอช ในฐานะเจ้าหญิงแห่งดัลมัสก้าเอง เพื่อที่จะหลีกเลี่ยงการเผชิญหน้า แต่อัลซิด ก็บอกข่าวร้ายให้ลาร์ซา รู้ไว้ว่าจักรพรรดิกรามิส ถูก เวย์น โซลิดอร์ ลอบปลงพระชนม์ และเข้ายึดอำนาจทั้งหมดรวมทั้งกำจัดสภาสูง พร้อมทั้งแต่งตั้งตัวเองเป็นจอมเผด็จการแล้ว ทำให้ลาร์ซารู้สึกช็อคอย่างมาก

ภายหลังจากได้ดาบแห่งราชามา เลดี้แอชก็กลับมาที่เบอร์โอมิเซสอีกครั้ง พบว่าแกรนเคลเธียร์อนาสตาซิส ถูกฆ่าโดยจัดจ์เบอร์แกน (Judge Bergan) ส่วนลาร์ซาถูกส่งตัวกลับจักรวรรดิอาร์เคเดียแล้ว กลังจากที่พวกเลดี้แอชต่อสู้กับจัดจ์บาเกน จัดจ์บาเกนสูญเสียพลังที่จะควบคุม แมนูแฟกเท็ดเนธิไซต์ จนถูกพลังทำลายร่างตัวเอง ซึ่งแมนูแฟกเท็ดเนธิไซต์เป็นเนธิไซต์ที่สังเคราะห์ขึ้นมาเป็นผลสำเร็จ จากการวิจัยของ ดอกเตอร์ซิด แห่งศูนย์วิจัยแดรกลอร์ ประจำจักรวรรดิอาร์เคเดีย ซึ่งดอกเตอร์ซิดมีความคลั่งไคล้ในเนธิไซต์และวิจัยอยู่หลายปี การวิจัยก้าวหน้าอย่างมาก เพราะได้รับความช่วยเหลือจากเวแนท หนึ่งในผู้ที่รอบรู้เรื่องเนธิไซต์ที่สุด และเคยเป็นพวกออคคิวเรียมาก่อนแต่ทรยศ ถ้าออคคิวเรียเทียบเท่ากับพระเจ้า เวแนทก็เทียบเท่ากับซาตานของอิวาลิซ พวกเลดี้แอชจึงตัดสินใจ เดินทางไปที่ศูนย์วิจัยแดรกลอร์ ซึ่งเมื่อลอบเข้าไปถึงก็ได้พบกับ สลัดอากาศเรดดัส (Reddas) ที่บุกเข้ามาก่อน ภายหลัจากการต่อสู้กับดอกเตอร์ซิดที่มีพลังของ แมนูแฟกเท็ดเนธิไซต์แล้วเอาชนะมาได้ ดอกเตอร์ซิดบอกว่าเขาจะไปเอาเนธิไซต์ชิ้นใหม่ ที่เมืองมายากิรูเวกัน (Giruvegan) เลดี้แอชก็ตัดสินใจที่จะไปขัดขวาง พร้อมทั้งหวังที่จะได้เนธิไซต์ชิ้นใหม่เหมือนกัน

เลดี้แอชไปที่เมืองมายากิรูเวกัน ได้พบกับออคคิวเรีย และออคคิวเรียได้เลือกที่จะให้เลดี้แอชเป็นจอมกษัตริย์คนต่อไป พร้อมทั้งมอบดาบแห่งพันธสัญญา (The Treaty Blade) ที่จะใช้ตัด ซันคริสต์ (Sun-Cryst) ศูนย์กลางพลังงานของเนธิไซต์ทุกชิ้นที่ถูกตัดมา ซึ่งในอดีตจอมกษัตริย์เรธวอลล์ ได้ดาบแห่งพันธสัญญาตัดซันคริสต์ เพื่อเอาดอว์นชาร์ด มาก่อนแล้ว ออคคิวเรียได้บอกให้เลดี้แอชรับเอาพลัง แล้วไปทำลายล้างจักรวรรดิอาร์เคเดีย ล้างแค้นให้ตนเอง รวมทั้งกำจัดเวแนท แต่เลดี้แอชยังลังเลที่จะทำตาม ยังไงก็ตามทั้งหมดยังไม่รู้ว่าซันคริสต์อยู่ที่ไหน จึงไปปรึกษากัยเรดดัส ที่เมืองท่า บัลฟอนเฮม (Balfonheim)

ที่บัลฟอนเฮม เรดดัสได้บอกว่า ตนได้ขโมย สกายสโตน (Skystone) มาจากศูนย์วิจัยแดรกลอร์ ซึ่งสกายสโตนจะทำให้เรือเหาะบินข้าม ยาจ์ด (Jagd) ได้ ซึ่งยาจ์ด คือบริเวณที่มีมิสต์หนาแน่นมาก จนกลอเซียริง อุปกรณ์สำคัญของเรือเหาะทุกชนิดไม่ทำงาน ทำให้เรือเหาะไม่สามารถบินข้ามได้ แต่ดอกเตอร์ซิดได้วิจัย สกายสโตนออกมา ทำให้จักรวรรดิอาร์เคเดียมีความมั่นใจมาก จนถึงกับกล้ารุกรานอาณาจักรอื่นๆ เรดดัสพบว่าถึงแม้มี สกายสโตน แต่ก็มีอยู่หนึ่งที่ๆ เรือเหาะของเขาเข้าไปไม่ได้ คือ ฟาโร ออฟ ริโดรานา (Pharo of Ridorana) ซันคริสต์น่าจะอยู่ที่นั่น จึงได้มอบสกายสโตนให้บัลเธียร์ เพราะเรือเหาะของบัลเธียร์ที่ชื่อ ชตรอล สร้างขึ้นที่ศูนย์วิจัยแดรกลอร์ น่าจะใช้สกายสโตนได้ดีกว่าเรดดัสจึงขออาสาช่วยเหลือเลดี้แอชในครั้งนี้ด้วย

เมื่อไปถึงริโดรานาชั้นบนสุด ก็พบซันคริสต์ เลดี้แอชใช้ดาบแห่งพันธสัญญาทำลายม่านพลัง แล้วกำลังตัดสินใจที่จะทำลายซันคริสต์ แต่จัดจ์แกบรานธ์มาขัดขวางพร้อมทั้งบอกว่า ตนคือคนที่สังหารพระราชารามินัส พ่อของเลดี้แอช เป็นคนที่ทำให้ดัลมัสก้าต้องล่มสลาย เพื่อยุให้เลดี้แอชรับเอาเนธิไซต์อันใหม่ แต่เลดี้แอชปฏิเสธที่จะทำ พร้อมทั้งทิ้งดอว์นชาร์ดที่หมดพลังให้กับแกบรานธ์ เพราะว่าหากซันคริสต์ถูกทำลาย เมจิกไซต์ทุกชิ้นที่ตัดจากซันคริสต์ ก็จะหมดพลังไปด้วย ในตอนนั้นเองดอกเตอร์ซิดก็เข้ามารับเอาดอว์นชาร์ด ให้เวแนทใช้พลังของ ดอว์นชาร์ด ดัสก์ชาร์ด และมิดไลท์ชาร์ด ดูดพลังทั้งหมดไปที่ป้อมปราการลอยฟ้าบาฮามุท (Bahamut) พวกเลดี้แอชได้ต่อสู้กับดอกเตอร์ซิด ที่มีพลังมหาศาลจากแมนูแฟกเท็ดเนธิไซต์ เมื่อเอาชนะได้ดอกเตอร์ซิดก็เสียชีวิตในเหตุการณ์นี้ เลดี้แอชกับวานพยายามที่จะทำลายซันคริสต์ แต่มิสต์ที่ทะลักออกมารุนแรงเกินกว่าที่จะเข้าไปได้ แฟรนเตือนว่าให้รีบหนีไปให้เร็วที่สุด เรดดัสจึงบอกให้ทุกคนหนีไปให้หมด และเรดดัสยอมสละชีวิตตัวเองเพื่อทำลายซันคริสต์

หลังจากเหตุการณ์การตายของเรดดัส พวกเลดี้แอชเตรียมตัวรับกับสงครามที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ จากเหตุการณ์การระเบิดของกองเรือลีไวอาทัน ทำให้ออนดอร์ ต้องตัดสินใจให้เด็ดขาด ไม่สามารถอยู่เป็นกลางได้อีกต่อไป ออนดอร์เลือกที่จะสนับสนุนกองกำลังต่อต้านและเลดี้แอช โดยมีสภาสูงของจักรวรรดิโรซาร์เรียนเป็นพันธมิตร ซึ่งออนดอร์ได้เคยมาขอมิดไลท์ชาร์ด จากเรดดัส แต่เรดดัสปฏิเสธที่จะให้ใช้พลังของเนธิไซต์ซึ่งภายหลังจึงได้ทราบว่า เรดดัสที่จริงก็คือ จัดจ์เซคท์ (Judge Magister Foris Zecht) ซึ่งได้รับคำสั่งให้ไปจู่โจมนาบูดิส โดยรับเอามิดไลท์ชาร์ด มาจากดอกเตอร์ซิด โดยที่ไม่รู้ความร้ายกาจของมัน ซึ่งขณะเดียวกันดอกเตอร์ซิดก็ต้องการทดสอบเรื่องนี้เช่นกัน พลังทำลายที่เกินคาด ทำให้เมืองนาบูดีส เมืองหลวงแห่งอาณาจักรนาบราเดีย พินาศในพริบตา เมื่อปราศจากเมืองหน้าด่านที่สำคัญ จึงเหลือเพียงป้อมนัลบินาเท่านั้น ก่อนที่จะถึงราบานัสต้า เมืองหลวงของดัลมัสก้า ซึ่งพลังของมิดไลท์ชาร์ดนี่เอง ที่เป็นตัวแปรสำคัญที่จักรวรรดิอาร์เคเดีย รุกรานดัลมัสก้าได้อย่างง่ายได้ เรดดัสต้องการชดเชยความผิดพลาดที่ตนทำไปในอดีต จึงได้ยอมสละชีวิตเพื่อทำลายซันคริสต์

อัลซิดบอกข่าวร้ายว่า ถึงแม้ว่าซันคริสต์จะถูกทำลายแต่จักรวรรดิอาร์เคเดีย มีแมนูแฟกเท็ดเนธิไซต์ ที่มีพลังไม่ด้อยไปกว่าเนธิไซต์มากนัก ทั้งยังสร้าง บาฮามุท ป้อมปราการลอยฟ้าขนาดมหึมาที่ดูดพลังงานมหาศาลจากซันคริสต์ไว้ อีกทั้งยังมีกองเรือรบขนาดใหญ่ที่สุด เท่าที่เคยเห็นมาในประวัติศาสตร์ ซึ่งเวย์น โซลิดอร์ ต้องการให้เกิดสงครามขึ้น เพื่อดึงให้จักรวรรดิโรซาร์เรียนและกองกำลังต่อต้าน มาสู้ด้วยกำลังทั้งหมดเท่าที่มี แล้วจึงจะทำลายทุกคนต่อหน้าประชากรชาวราบานัสต้า ทำให้เลดี้แอชตระหนักได้ว่าพื้นที่การรบ คือ น่านฟ้าเหนือเมืองราบานัสต้า เมืองหลวงของดัลมัสก้า

ในขณะที่สงครามเริ่มเปิดฉากขึ้น พวกเลดี้แอช ลอบเข้าไปในป้อมปราการลอยฟ้าบาฮามุทสำเร็จ จากการที่บัลเธียร์ใช้ความขำนาญในการขับชตรอล เรือเหาะดัดแปลงพิเศษของเขา พวกเลดี้แอช เข้าต่อสู้กับเวย์น โซลิดอร์ที่มีทั้งพลังของแมนูแฟกเท็ดเนธิไซต์และพลังของเวแนท โดยทุกคนรวมไปถึงลาร์ซา โซลิดอร์ และแกบรานธ์ที่กลับใจมารับใช้ลอร์ดลาร์ซาด้วยชีวิตเหมือนเดิม แม้ว่าจะถูกเวย์น โซลิดอร์ปลดออกจากตำแหน่ง ภายหลังจากเอาชนะเวย์น โซลิดอร์ และกำจัดเวแนทได้แล้ว เลดี้แอชก็หนีออกมาจากบาฮามุท และประกาศว่าสงครามยุติแล้ว โดยมีลาร์ซา โซลิดอร์ยืนยัน เพราะว่าเมื่อเวย์น โซลิดอร์ตาย กองทัพทั้งหมดจะอยู่ภายใต้การควบคุมชองลาร์ซา โซลิดอร์ ลาร์ซาและเลดี้แอช ประกาศอิสรภาพต่อจักรวรรดิอาร์เคเดีย ภายใต้การรับรองของลาร์ซา โซลิดอร์ ทั้ง 2 ฝ่ายจึงหยุดยิง แต่ว่าจากการสู้รบ กลอเซียริงของป้อมปราการลอยฟ้าบาฮามุทถูกทำลาย ทำให้บาฮามุทจะตกลงกลางเมืองหลวง จัดจ์ซาร์กาบาท (Judge Magister Zargabaath) กัปตันของกองเรืออเล็กซานเดอร์ของอาร์เคเดีย ตัดสินใจจะเข้าพุ่งชนบาฮามุท แล้วให้มาร์ควิสออนดอร์ระดมยิงเข้ามาที่อเล็กซานเดอร เพื่อให้แรงระเบิดผลักให้บาฮามุทพ้นจากตัวเมืองราบานัสตา ระหว่างนั้นมีการติดต่อมาจากบัลเธียร์ ที่ยังอยู่ในบาฮามุทกับแฟรน ว่าให้มาร์ควิสออนดอร์ยับยั้งจัดจ์ซากาบาทไว้ เพราะว่าตนกำลังซ่อมกลอเซียริงอยู่ หลังจากที่พอทำให้กลอเซียริงทำงานจนลอยออกนอกเขตได้ บาฮามุทก็ไปตกที่นอกตัวเมือง พวกเลดี้แอชหนีออกมาได้ แต่บัลเธียร์กับเฟรนหายสาบสูญ

หลังจากนั้น 1 ปี ราบานัสต้ากลับมาเป็นเมืองที่คึกคัก เหมือนกับก่อนที่จะถูกจักรวรรดิอาร์เคเดียยึดครอง เลดี้แอชจะทำการเข้ารับพิธีสวมมงกุฎ และสถาปณาเป็นราชินี กัปตันบาช วอน รอนเซนเบิร์ก รักษาสัญญาที่ให้กับแกบรานธ์ น้องชายของตนที่จะปกป้องลอร์ดลาร์ซา จึงเข้ารับตำแหน่งเป็น จัดจ์ เมจิสเตอร์ คอยอารักขาอยู่ข้างกายลาร์ซา ลาร์ซา เฟอร์รินัส โซลิดอร์ ได้รับการแต่งตั้งเป็นจักรพรรดิคนใหม่ แห่งจักรวรรดิอาร์เคเดีย วานกับเพเนโล่ได้รับเรือเหาะเป็นของตนเอง ทั้งยังคอยดูแล ชตรอล จนกว่าบัลเธียร์จะกลับมา ซึ่งเมื่อวานขับเรือเหาะมาถึงที่จอด ก็พบว่า ชตรอล หายไปแล้ว ซึ่งที่จริงคือ บัลเธียร์กับแฟรนมาเอาคืนไปแล้ว พร้อมทั้งยังฝากจดหมายให้วาน และฝากวานคืนแหวนแต่งงานของเลดี้แอช ที่บัลเธียร์คิดเป็นค่าจ้างในการช่วยเลดี้แอชตามหาดอว์นชาร์ด บริเวณที่บาฮามุทตกลง ได้ดัดแปลงให้เป็นอนุสรณ์สถานที่งดงาม มีพวกเวียร่าที่เริ่มเปิดใจและออกมาจากป่า มาใช้ชีวิตอยู่ที่อิวาลิซมากขึ้น เมื่อซันคริสต์ถูกทำลาย ยุคสมัยที่ออคคิวเรียคอยบงการโชคชะตาและประวัติศาสตร์ของมนุษยชาติบนอิวาลิซ ก็ยุติลง